中心承担疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究等七大公共卫生职能。设职能处室6个，专业所9个。现有在岗职工237人，其中博士后3人，博士6人；有高级职称人员97名；拥有重庆市学术技术带头人2名及后备人选1名，重庆市医学领军人才、重庆英才.创新领军人才各1名，重庆市中青年医学高端人才及“西部之光”访问学者各2名，更有多名国家级和市级知名专家。柔性引进国家辐射防护与核医学安全首席专家、媒介生物控制首席科学家、卫生部有突出贡献青年专家与WHO职业卫生合作中心（北京）首席科学家、美国微生物科学院院士与中国疾控中心艾滋病首席专家各1名。

中心固定资产总值1.7亿元，其中仪器设备总值1.4亿元。拥有液-质联用仪、气-质联用仪、ICP-MS联用仪、全自动微生物鉴定系统等一大批高、精、尖实验设备；建有重庆市唯一的BSL-3实验室，能开展高致病性禽流感病毒、鼠疫耶尔森菌、埃博拉病毒等高致病性病原微生物实验活动。取得建设项目职业病危害评价甲级资质等12项资质，能开展食品等13大类96小类1492个参数的检测工作。

2017年，中心制定了《中长期事业发展规划》，致力于将中心打造成基础设施完善、仪器装备精良、检测技术精准、专业素养精湛、应急机制健全、应急响应敏捷、疾控文化浓厚的全国一流省级疾病预防控制中心。

   2019年7月，重庆市人社局正式批准中心设立博士后科研工作站。为充分整合、利用中心优势资源，推动全市疾病预防控制事业发展，培养造就高层次科研和管理人才，提升科研创新能力，促进高科技成果转化，我中心博士后科研工作站与中国人民解放军陆军军医大学公共卫生与预防医学博士后科研流动站强强联合，现面向全国公开招收博士后研究人员，热忱欢迎广大符合条件的优秀博士毕业生进站从事科研工作。